涉密信息系统与公共信息系统的区别，主要体现在四个方面：
一是信息内容不同。涉密信息系统存储、处理和传输的信息涉及国家秘密和其他敏感信息，应严格控制知悉范围；公共信息系统存储、处理和传输的信息不能涉及国家秘密。
二是设施、设备标准不同。涉密信息系统的安全保密设施、设备，必须符合国家保密标准；公共信息系统的安全保密设施、设备也应符合一定技术标准要求，但并不要求执行国家保密标准。
三是检测审批要求不同。涉密信息系统必须满足安全保密要求，符合国家保密标准，投入使用前必须经安全保密检测评估和审查批准；公共信息系统投入使用前也需要进行相关检测，但检测的目的和要求不同。